La Tierra es devastada por un cataclismo sin precedentes provocado por el Gigante Negro Armaros y la Lanza de Longinus
Todo formaba parte de un reinicio para un nuevo «Plan de Complementación Humana». En el Valle de los Cuerpos en el norte de África, Shinji desafía a Armaros, pero es derrotado tras serle arrebatado su propio corazón. El Super Evangelion y la Unidad 02 se fusionan, y Asuka, convertida en el gigante rojo Crimson A1, logra regresar. Mientras tanto, Rei Ayanami (Rei Torre) y Kaworu, ambos atormentados por dudas sobre su propia existencia
La humanidad intenta lanzar una ofensiva a gran escala para enfrentarse a Armaros y sus subordinados, pero ¿podrá esa flecha alcanzar un poder comparable al de un dios?
