Resulta que ese descomunal laberinto subterráneo con un ecosistema totalmente diferente al de la superficie era la academia de entrenamiento de los agentes del Sindicato . Ellie logró escapar sola de allí en el pasado, pero ahora sus antiguos compañeros la tildan de traidora y están al acecho, buscando acabar con su vida. Mientras los gobiernos de todos los países están sumidos en el caos total debido a la catástrofe a escala mundial que acaba de tener lugar, el fin que el profesor Shidô Yurizaki vaticinó se aproxima momento a momento.
